杀菌剂研发部由新型杀菌剂创制和工艺开发两个研究室组成。
该研发部针对农业重要病、虫、草害（重点关注病害），围绕新农药创制技术与方法和农药功能分子与新产品创制等国际科学前沿进行研究，旨在设计开发新型绿色安全高效的农药品种，以解决创新难度大、成功率低以及目前面临的环境、生态以及严重的抗药性等问题。
通过近30年的新农药创制方法研究实践，总结提出了“中间体衍生化方法”。利用该方法创制了10多个候选新品种，其中氟吗啉、丁香菌酯、唑菌酯等绿色农药新品种已获准登记并实现了产业化；工艺开发研究室开发的氟环唑、吡蚜酮、莎稗磷、乙唑螨腈等农药品种的生产工艺均已规模化生产，目前上述产品已产生了较大的经济效益和社会效益。杀菌剂研发部共申请发明专利超过300件，目前已授权200余件(其中国外专利80余件)，发表学术论文500余篇(其中SCI论文70余篇)，出版《新农药创制与合成》、《世界农药大全》等专著8部。获得国家技术发明二等奖1项，省部级技术发明和科技进步一等奖5项，省部级创新团队奖1项，省部级科技进步二等奖6项，中化集团技术发明和科技进步一等奖3项，获专利金奖1项，专利优秀奖2项。
